Jakubina w 1210 poznała Franciszka z Asyżu. Znalazła dla niego lokum, gdy ten przybył do Rzymu. Przyczyniła się też do uzyskania audiencji u papieża Innocentego III. Według legendy święty miał się odwdzięczyć, ofiarowując szlachetnej matronie tresowanego baranka. W źródłach franciszkańskich podaje się, iż przed śmiercią Franciszek kazał podyktować do Jakubiny list, w którym prosił o przywiezienie mu słodycze typu mustaccioli. Jakubina przybyła do Asyżu jeszcze zanim list został wysłany, przywożąc oczekiwane przez Biedaczynę słodycze. Dokładny opis wydarzeń z przyjazdem Jakubiny do Asyżu w ostatnich dniach przed śmiercią Franciszka zawiera Anonim z Perugii (Legenda z Perugii). Jakubina widziała stygmaty św. Franciszka.
Po śmierci Franciszka Jakubina wróciła do Rzymu. Zostawiła władzę nad dobrami synom, sama dedykując resztę życia dziełom miłosierdzia. W 1231 zakupiła do benedyktynów Szpital św. Błażeja. Po remoncie oddała go franciszkanom na klasztor. To Klasztor San Francesco a Ripa. Dzieło uzyskało błogosławieństwo papieża Grzegorza IX, który jako kardynał był protektorem Zakonu Braci Mniejszych.