Kierując egipskim systemem szkolnictwa, Husajn usunął szereg dawnych pracowników z ich stanowisk, w resorcie panował nepotyzm.
Gdy Bracia Muzułmanie w 1954 zorganizowali nieudany zamach na prezydenta Nasera, Kamal ad-Din Husajn, niezależnie od dawnych sympatii politycznych, poparł represje wobec ich organizacji.
W czasie wojny sueskiej dowodził Gwardią Narodową, którą w 1953 współtworzył, w obronie Ismailii przed interwencją brytyjsko-francusko-izraelską. Jego rola w tych wydarzeniach została następnie w państwowej propagandzie wyolbrzymiona i zmitologizowana. W 1959 został sekretarzem generalnym Narodowego Związku Nauczycieli i pozostawał nim do 1963.
W 1958 zagroził podaniem się do dymisji, gdy egipski parlament przegłosował ustawę wymuszającą na uniwersytetach przyjmowanie wszystkich kandydatów, którzy zdali egzamin dojrzałości. Uzyskał wówczas poparcie Nasera, który uznał takie rozwiązanie za niewykonalne z powodów ekonomicznych. W tym samym roku stanął na czele nowej naserowskiej monopartii - Unii Narodowej.