W 1894 władze zakonu wzniosły nową siedzibę kolegium dzielnicy Velabro, zaś w 1905 papież Pius X powołał do istnienia wydział teologiczny. W 1935 uczelnia uzyskała pozwolenie na używanie tytuły "papieska". Od 1955 franciszkańska uczelnia oficjalnie nazywana jest Papieskim Wydziałem Teologicznym Świętego Bonawentury. Absolwentem rzymskiego Seraphicum był św. Maksymilian Maria Kolbe, który obronił na nim pracę doktorską z teologii w 1919.
Współczesność Nową siedzibę wydziału w południowej dzielnicy Rzymu - EUR - otwarto w 1964. Od 1973 jest otwarta dla studentów z zewnątrz, duchownych jak i świeckich. Ostatnie statuty uczelni zostały zaaprobowane 19 grudnia 1986.
Do użytku studentów dostępna jest biblioteka uczelni, licząca ok. 300 tys. woluminów, głównie z dziedziny teologii, historii, prawa i muzyki. Periodykiem uczelni jest wydawana od 1931 "Miscellanea Francescana". Wydawnictwo uczelniane publikuje również dwie serie wydawnicze: Maestri Francescani oraz Quaderni Francescani.