W kampanii wrześniowej dowódca obrony powietrznej rejonu Dęblina. Po inwazji sowieckiej ewakuowany (18 września 1939) do Rumunii (Zaleszczyki). Internowany w obozie Tulcea uciekł – 5 listopada 1939 statkiem „Patris” odpłynął do Francji z portu Balczik (przez Vallettę na Malcie). Do Marsylii przybył 12 listopada 1939 r. Skierowany 26 listopada 1939 do Lyon-Bron, miał udać się do Finlandii na czele polskiego dywizjonu myśliwskiego mającego walczy z Armią Czerwoną. Wskutek rozejmu w wojnie sowiecko-fińskiej pozostał we Francji. Rozkaz (ze stycznia 1940) o utworzeniu 1/145 dywizjonu myśliwskiego „Warszawa” wypełnił 6 kwietnia 1940, kiedy to objął jego dowództwo. Walory dowódcze Kępińskiego były jednak krytykowane przez niektórych pilotów, przez co 29 maja doprowadził on do aresztowania ppor. Witolda Łanowskiego za zarzucanie mu tchórzostwa. Podczas obrony Paryża i linii Sekwany (lotnisko Villacoublay) 10 czerwca 1940 w trakcie lotu bojowego na Caudron CR.714 ciężko ranny w walce powietrznej, lądował bez podwozia w okolicy Dreux–Chartres. Cztery miesiące leczony w szpitalach w Chartres i w Vichy. Skorzystał z możliwości ucieczki – przez Hiszpanię i Portugalię przedostał się do Wielkiej Brytanii.