Ponieważ w wieku 11 lat został rozpoznany jako inkarnacja zmarłego w 1475 roku lamy szkoły gelug Gendun Drupy wstąpił do nowicjatu w klasztorze Taszilunpo. Jego nowe imię Gendun Gjaco, które w wolnym tłumaczeniu oznacza „Subtelny Chwalebny Ocean Duchowej Aspiracji”, wskazuje jednak na to, że pomimo uznania go za inkarnację poprzednika, nie uważano aby automatycznie predestynowało go to do piastowania wysokich stanowisk. Źródła informują wręcz o zazdrości i rosnącej niechęci tymczasowego opata (klasztor założył I Dalajlama), co zmusiło Genduna Gjaco do opuszczenia Taszilunpo i przenosin do Drepung w pobliżu Lhasy.
Około roku 1450 Tybet stał się areną walk politycznych, w wyniku których rządząca dynastia (Phagmodrupa) stawiała czoła arystokratycznym frakcjom. Książęta prowincji Tsang ze stolicą w Shigatse, którzy wspierali tradycję kagju, stanowili nieustanne zagrożenie dla władców w Lhasie oraz będących pod ich opieką gelugpa. Rywalizacja dotknęła również same szkoły, które nie spierały się bynajmniej o doktrynę i kwestie filozoficzne tylko o wpływy i pieniądze.