Mariusz Zieliński (2005–2010); kmdr dr hab. Krzysztof Rokiciński (2010–2012); kmdr prof. dr hab. Tomasz Szubrycht (2012–2015); kmdr dr hab. Jarosław Teska (2015-2019); kmdr dr hab. Bartłomiej Pączek (2019-).
Historia i początki 25 lutego 1975 r., ze struktury Wyższej Szkoły Marynarki Wojennej wydzielono nieetatowy Instytut Dowódczo-Sztabowy. Jego Radzie Naukowej przewodniczył Komendant WSMW kontradmirał dr Witold Gliński. Konieczność kształcenia oficerów średniego szczebla w zakresie sztuki operacyjnej i dowodzenia spowodowała, że w cztery lata później z dotychczasowego Wydziału Dowódczego wydzielono Wydział Nawigacji i Uzbrojenia okrętowego, który zajmuje się kształceniem podchorążych, a w miejsce Instytutu powołano Wydział Dowódczo-Sztabowy działający od roku akademickiego 1979/1980. Pierwszym Komendantem wydziału został kmdr dr hab.