Trzy nawy w Wielkiej Bazylice pokryte są mozaikami o bardzo bogatej kwiecistej i obrazowej ikonografii; te dobrze zachowane mozaiki określane są często jako doskonały przykład wczesnej sztuki chrześcijańskiej. Miasto było splądrowane przez Ostrogotów i Wizygotów pod dowództwem Teodoryka Wielkiego w 472 roku n.e. i ponownie w 479 roku n.e., pomimo ofiarowania najeźdźcom przez biskupa wielkiego okupu. Odbudowano je pod koniec V i na początku VI wieku. Od trzęsienia ziemi w 518 roku n.e. mieszkańcy Heraclei zaczęli stopniowo opuszczać miastoMacedonia, Bradt Guides, Thammy Evans, Bradt Travel Guides, 2007, , p. 182..
Następnie pod koniec VI wieku w okolicy miasta osiedlili się Draguwici, słowiańskie plemię wypchnięte z północy przez Awarów. Ostatnia emisja monety pochodzi z około 585 roku, co sugeruje, że miasto zostało ostatecznie przejęte przez Słowian. W miejscu opuszczonego miasta zbudowano kilka chatEchos Du Monde Classique, Classical Association of Canada, 1988, p. 368..