W latach 1717–1719 nowe organy zbudował Andreas Hildebrandt z Gdańska (był to pierwszy tak duży instrument z jego warsztatu), przy współpracy elbląskiego rzeźbiarza, z wykorzystaniem niektórych części starych organów z 1597 r. Instrument został ustawiony w dwóch niezależnych szafach organowych w taki sposób, iż w szafie południowej miejsce znalazł mechanizm obu sekcji manuałowych, w północnej zaś obie sekcje pedałowe. Podobne rozwiązanie Hildebrandt znał z kościoła św. Trójcy w Gdańsku, dla którego kaplicy św. Anny w 1710 r. budował nowe organy. Główne organy kościoła św. Trójcy, których trzon pochodził jeszcze z XVII w., posiadały dwie ustawione obok siebie szafy organowe, z których jedna – dodana w 1703 r. – zawierała wyłącznie rejestry pedałowe. 28 maja 1719 (Zielone Świątki) poświęcono nowe organy.
24 kwietnia 1750 podpisana została umowa na demontaż, naprawę i powtórne zainstalowanie organów w kościele (w związku z pracami budowlanymi w kościele św. Bartłomieja) z uprzywilejowanym organmistrzem Christophem Heinrichem Obuchem. 4 kwietnia 1752 Christoph Heinrich Obuch ukończył prace przy organach. Z 25 lipca 1783 pochodzi kosztorys Christopha Heinricha Obucha na kolejną renowację organów. Proponowane w 1783 r.