Został awansowany na wiceadmirała 4 lipca 1794 roku i wziął udział pod dowództwem Williama Hothama w nierozstrzygniętych działaniach morskich 13 marca 1795 i 13 lipca 1795 roku. Od 1796 do 1800 dowodził na Jamajce i we Wschodnich Indiach.
Został mianowany admirałem 14 lutego 1799 roku. W 1801 został mianowany na dowódcę floty, której celem było przełamanie zawiązanej przez północnoeuropejskie państwa Ligi Zbrojnej Neutralności. Jego zastępcą w czasie tej misji był wiceadmirał Horatio Nelson. Pierwszym celem wyprawy była Kopenhaga, która uległa Brytyjczykom 2 kwietnia 1801 roku po bitwie morskiej, w wyniku ataku eskadry Nelsona. Cięższe okręty dowodzone przez Parkera brały mniejszy udział w operacji z powodu płytkości kanału kopenhaskiego. W trakcie bitwy Parker podniósł flagę oznaczającą zaprzestanie działań wojennych. Podobno Nelson specjalnie zignorował znak od przełożonego, wyzywająco przyłożył ślepe oko do teleskopu skierowanego na flagę i powiedział „naprawdę nie widzę sygnału” (uznaje się jednak, że jest to mit). Nelson kontynuował akcję zbrojną i wymusił w końcu kapitulację sił Danii.
Parker był później krytykowany za wahanie, jakie okazał przed kontynuowaniem misji i wpłynięciem na Bałtyk. Niedługo potem został odwołany, a Nelson go zastąpił.