Dokładna data wybudowania stup nie jest znana. Według syjamskiego historyka Damronga Rajanubhaba powstały one w okresie istnienia królestwa Ayutthayi za panowania króla Trailokkanata (pan. 1448-1488), który ustanowił bliskie stosunki z władcą królestwa Hanthawaddy królem Dhammazedim.
W trakcie II wojny światowej Japończycy poprowadzili przez przełęcz Kolej Birmańską, która umożliwiła im transport pomiędzy Birmą a Malajami i Singapurem, co miało duże znaczenie strategiczne ze względu na zagrożenie szlaków morskich przez floty Sprzymierzonych. Budowane jednocześnie od strony Birmy i Tajlandii obydwa odcinki kolei spotkały się 17 października 1943 r. ok. 18 km od Przełęczy Trzech Pagód, po stronie tajlandzkiej. Po zakończeniu wojny linia ta przestała być używana.
Do roku 1988 przełęcz była kontrolowana wspólnie przez oddziały partyzanckie Kareńskiej Unii Narodowej i Nowej Partii Stanu Mon, które traktowały ją jako rogatkę, pobierając opłaty od nielegalnego ruchu handlowego. Na skutek nieporozumień co do podziału dochodów 23 lipca 1988 doszło do walk pomiędzy zbrojnymi grupami. Pomimo negocjowanego rozejmu sytuację wykorzystała armia birmańska i na początku 1990 r. przejęła kontrolę nad przełęczą.