Dwa lata później awansowano go na komandora, jednocześnie przekazując komendę na slupem wojennym USS „Warren”, którym dowodził podczas ostatnich miesięcy „quasi-wojny”.
Na początku 1804 roku Barron nadzorował budowę kanonierek w Hampton. 11 kwietnia 1804 został mianowany dowódcą USS „Essex”, na którym pożeglował ku Morzu Śródziemnemu, by dołączyć do eskadry dowodzonej przez jego starszego brata, Samuela. Zadaniem eskadry była ochrona amerykańskich transportowców oraz blokada portu w Trypolisie.
25 czerwca 1805 roku Barron został członkiem trybunału wojskowego obradującego na pokładzie zacumowanego w Syrakuzach USS „Constitution” mającego osądzić Williama Bainbridge’a, którego czyny doprowadziły do wyprowadzenia na mieliznę i utraty fregaty USS „Philadelphia” w pobliżu Trypolisu.
15 kwietnia 1806 został mianowany dowódcą Eskadry Śródziemnomorskiej. 22 kwietnia uzyskał awans na komodora; w tym samym roku dostał pod komendę USS „Chesapeake”. Okręt stał zacumowany w Norfolk, gdzie w dużym pośpiechu wyposażano go w niedoświadczoną załogę oraz wybrakowany ekwipunek.