Po ich ukończeniu otrzymał święcenie kapłańskie, ale nadal zajmował się głównie pracą naukową i dydaktyczną.
W swojej karierze naukowej zajmował się przede wszystkim magnetyzmem i elektrycznością atmosfery ziemskiej, interesowało go głównie ziemskie pole magnetyczne. W czasie licznych prac przeprowadzał pomiary magnetyczne na terenie wschodniej i zachodniej Francji, a później również w Belgii. Opublikowanie wyników tych prac spotkało się z dobrym przyjęciem ze strony innych naukowców i w 1874 roku Perry został członkiem Royal Society. Zajmował się jednak również astronomią i publikował również na ten temat. Jego prace z tej dziedziny zostały docenione nieco wcześniej i już w 1869 roku został członkiem Królewskiego Towarzystwa Astronomicznego. Był także członkiem Royal Meteorological Society. W 1870 roku został mianowany szefem jednej z czterech ekspedycji mającej obserwować całkowite zaćmienie Słońca.