Lata Nazwa Przynależność 1865 Komisja Fizjograficzna Towarzystwo Naukowe Krakowskie 1872 Akademia Umiejętności 1918 Polska Akademia Umiejętności 1953 Oddział Krakowski Instytutu Zoologicznego w Warszawie Polska Akademia Nauk 1962 Zakład Zoologii Systematycznej 1969 Zakład Zoologii Systematycznej i Doświadczalnej 1989 Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt
Zadania Instytutu Głównym zadaniem Instytutu jest prowadzenie badań poświęconych różnym aspektom systematyki zwierząt współcześnie żyjących oraz kopalnych, faunistyki oraz cytologii. Projekty naukowe prowadzone w działach Instytutu koncentrują się na trzech głównych kierunkach badań: badaniach kopalnych kręgowców i bezkręgowców badaniach taksonomicznych i filogenetycznych Paramecium, owadów i innych bezkręgowców również z wykorzystaniem technik molekularnych i metod kladystycznych badaniach ekologicznych mających na celu poznanie współzależności różnorodności biotycznej i funkcjonowania ekosystemów
Instytut uzyskaniem prawo do nadawania tytułu doktora oraz doktora habilitowanego nauk biologicznych.