Zmarł 13 października 1878 (nowego stylu) i pochowany został na cmentarzu w Piotrkowie. 15 października 1878 w pogrzebie, mimo braku pełnej oprawy kościelnej, uczestniczyły „tłumy, wyraźnie tłumy – i to przeważnie myślącej części społeczeństwa” (Strzyżowski).
Zgromadzony przez całe życie majątek, którego wartość obliczano na około 37 tysięcy rubli w nieruchomościach, Koczorowski przeznaczył (niezależnie od zabezpieczenia materialnego żony Teofili) na stypendia i nagrody za prace naukowe. Z rocznego dochodu od majątku ufundował sześć stypendiów po 300 rubli rocznie na uniwersyteckie studia medyczne. Beneficjentami tych stypendiów mogli być „krajowcy wyznania katolickiego”, a fundator przyznał pierwszeństwo kilku rodzinom wymienionym z nazwiska w testamencie. Ponadto przyznał 600 rubli na coroczne wyróżnienie najlepszej pracy naukowej z literatury polskiej lub nauk przyrodniczych (300 rubli jako nagrodę dla autora, 300 na koszt druku), przy zastrzeżeniu, że „pierwszeństwo ma zawsze otrzymywać rozprawa, poprawniejszą napisana polszczyzną”. Wykonawcą tych zapisów Koczorowski uczynił Towarzystwo Lekarskie Warszawskie, któremu zlecił również przekazanie swojej biblioteczki lekarskiej kończącemu studia medyczne młodemu lekarzowi.