W Santo Domingo otrzymał przydziałowe repartimiento, czyli luźno zorganizowany system przymusowych robót publicznych, przez który musiały przejść wszystkie indiańskie społeczności, znany w Nowej Hiszpanii właśnie pod tą nazwą, a w Peru (gdzie Inkowie już wcześniej korzystali z podobnego systemu) pod nazwą mita. W tym systemie społeczności tubylcze zamieszkujące jakikolwiek obszar mogły spotkać się z żądaniem, by dostarczyły do robót publicznych zmieniające się stale grupy robotników o ściśle określonej liczbie ludzi, na określony czas i za ściśle określonym wynagrodzeniem.
Produkcję złota i srebra – zważywszy ich znaczenie dla dochodu królewskiego – traktowano zazwyczaj jako cel publiczny i w ten sposób rekrutowano do pracy w kopalniach dużą liczbę niewykwalifikowanej siły roboczej. Jednak Balboa gospodarował do tego stopnia nieudolnie, że wkrótce popadł w długi. Gdy doszły go słuchy o wyprawie Alonsa de Hojedy do osady San Sebastian, którą w 1505 roku założył nad kolumbijską zatoką Darién, obmyślił niezwykły sposób ucieczki przed prześladującymi go wierzycielami. Gdy na początku 1510 roku dwa okręty, ekwipowane pod kierownictwem prawnika Martina Fernándeza de Enciso (wspólnika Alonsa de Hojedy), miały już opuścić port, Balboa dostał się na jeden z nich, ukryty w pustej beczce na solone mięso.