Po wojnie ujawnił się 13 lipca 1945 roku w Pabianicach. Współpracował z UB, od końca lat czterdziestych uczestniczył w rozpracowaniu agenturalnym, prowadzonym przez Wydział III Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Szczecinie i w Poznaniu (TW „Walawski”). Donosił m.in. na innych cichociemnych łącznościowców, m.in. Przemysława Bystrzyckiego. (Dokumenty dotyczące współpracy Nowackiego z UB i później SB były badane i omawiane przez dr. Krzysztofa Tochmana z IPN Rzeszów). W 1961 roku wstąpił do PZPR.
W latach 1946–1948 pracował w Laboratorium Analiz Lekarskich Ubezpieczalni Społecznej w Poznaniu, później był asystentem w Ośrodku Badawczo-Leczniczym Chorób Zawodowych Akademii Medycznej w Poznaniu. Od 1949 roku był zatrudniony jako lekarz przemysłowy w Poznańskich Zakładach Elektrotechnicznych. 30 stycznia 1953 roku uzyskał dyplom lekarza po ukończeniu Akademii Medycznej w Poznaniu. W 1959 roku awansował na stanowisko dyrektora Przychodni Medycyny Przemysłowej, gdzie pracował do 1962 roku, następnie (do 1964 roku) był wykładowcą w Centralnym Ośrodku Doskonalenia Kadr Kierowniczych. Do 1966 roku był ekspertem medycyny przemysłowej MOP w Ghanie. Odbył studia doktoranckie i uzyskał stopień doktora medycyny. W latach 70. pracował w Nigerii, Iranie i Kenii jako ekspert MOP.