Nad miastem górowały dwie cytadele. W pierwszej, której pozostałości znane są jako tell Kujundżyk, znajdowały się świątynie i królewskie pałace. W drugiej – tell Nebi Junus – był arsenał Sanheriba.
Wykopaliska archeologiczne prowadzone na tell Kujundżyk odsłoniły liczne reliefy na ścianach przedstawiające dokonania Sanheriba i Aszurbanipala, gdyż to właśnie rozległe pałace tych dwóch władców znajdowały się na tym wzgórzu. Liczne reliefy stamtąd, z których niektóre zyskały światową sławę (np. sceny polowania króla Aszurbanipala na lwy), znajdują się w British Museum. Za czasów Sennacheryba i Aszurbanipala Niniwa przeżyła największy rozkwit.
W roku 612 p.n.e. miasto zostało zdobyte i zniszczone przez Medów, Persów i Babilończyków. Na podstawie wykopalisk ustalono, że walki toczyły się niemal na całej długości murów, ale najbardziej zacięte u północno-zachodniej części miasta, gdzie też siły medyjsko-persko-babilońskie przełamały mury na odcinku między bramami Nergala i Adada, wdzierając się do środka. Chociaż Niniwa nigdy się nie podniosła z poczynionych wtedy zniszczeń i nie osiągnęła już takiej świetności jak dawniej, to jednak miasto dalej funkcjonowało. Władca państwa nowobabilońskiego Nabopolasar w jego murach przyjmował poselstwa podbitych krain.