W 1936 był członkiem delegacji syryjskiej w Paryżu na rozmowach w sprawie niepodległości. Następnie udał się do Moskwy i przez dwa lata uczył się na Komunistycznym Uniwersytecie Pracujących Wschodu. Do Syrii wrócił na krótko po uzyskaniu niepodległości w 1946. W pierwszych latach istnienia nowego państwa komuniści, pod kierownictwem Bakdasza, mogli prowadzić działalność polityczną w sposób nieograniczony i zdobyli wielu zwolenników wśród studentów, miejskiej inteligencji, jak również wśród kobiet-sunnitek, zainteresowanych hasłami emancypacyjnymi.
1949-1958 Syryjską Partię Komunistyczną zdelegalizował w marcu 1949 Husni az-Za’im na krótko po przeprowadzeniu zamachu stanu. W następnym miesiącu 400 komunistów, w tym Bakdasz, zostało aresztowanych. Po upadku rządu az-Za’ima Bakdasz opuścił więzienie i wrócił do działalności politycznej, a w 1954 jako pierwszy komunista w Syrii i w całym świecie arabskim zdobył mandat deputowanego do parlamentu. W czerwcu następnego roku, na polecenie premiera Sajjida al-Ghazziego, udał się do Moskwy na czele syryjskiej delegacji, która miała spowodować poprawę wzajemnych stosunków.