W lipcu 2012 Borja powrócił do ojczyzny, na zasadzie wypożyczenia zasilając drużynę ówczesnego mistrza kraju – Independiente Santa Fe. W Categoría Primera A zadebiutował 28 sierpnia 2012 w wygranym 2:0 pojedynku z Deportivo Pasto, zaś pierwszą bramkę w lidze kolumbijskiej zanotował już cztery dni później w zremisowanym 1:1 meczu z Envigado. W zespole prowadzonym przez szkoleniowca Wilsona Gutiérreza występował przez rok jako podstawowy zawodnik, odnosząc serię sukcesów drużynowych zarówno w kraju, jak i na arenie międzynarodowej; w wiosennym sezonie Apertura 2013 zdobył z Santa Fe wicemistrzostwo Kolumbii, w tym samym roku triumfował także w krajowym superpucharze – Superliga de Colombia oraz dotarł do półfinału najbardziej prestiżowych rozgrywek kontynentu – Copa Libertadores.
Latem 2013 Borja przeszedł do meksykańskiego Tiburones Rojos de Veracruz, wówczas będącego beniaminkiem najwyższej klasy rozgrywkowej. W tamtejszej Liga MX zadebiutował 25 sierpnia 2013 w przegranym 1:3 spotkaniu z Tolucą, natomiast pierwszego gola w lidze meksykańskiej strzelił 31 sierpnia tego samego roku w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Tigres UANL.