W pierwszych latach działalności Benslow House pojawiła się różnica zdań między Emily Davies i Barbarą Bodichon, która proponowała nadanie uczelni bardziej liberalnego charakteru. Obie założycielki uczelni miały też różne zdania na temat programu nauczania. Emily Davies uważała, że należy utrzymywać dyscyplinę, koncentrować się na nauce tradycyjnych przedmiotów, analogicznie jak w szkołach męskich, oraz utrzymywać związek z Kościołem Anglii. Kierowała Girton College w latach 1873–1875 (jako czwarta Mistress of Girton), a następnie przez ponad 30 lat była jego sekretarzem.
Kontynuując działalność na rzecz emancypacji kobiet w roku 1906 przewodniczyła delegacji sufrażystek do Parlamentu. Była aktywna w National Union of Women’s Suffrage Societies, jednak sprzeciwiała się metodom stosowanym przez radykalne skrzydło ruchu feministycznego (zob. Emmeline Pankhurst i Women’s Social and Political Union). Nie popierała żądań NUWSS o zrównanie praw wyborczych wszystkich kobiet z prawami mężczyzn – proponowała zróżnicowanie uprawnień kobiet zamężnych i niezamężnych.