Zainteresowania badawcze Jego zainteresowania badawcze koncentrują się wokół historii społecznej średniowiecza, historii średniowiecznego Kościoła oraz seksualności wieków średnich. Zajmuje się także wpływami chrześcijańskiego Zachodu na kulturę Polski wczesnopiastowskiej.
Wybrane publikacje (redakcja) Benedykt Zientara (15 VI 1928 – 11 V 1983): dorobek i miejsce w historiografii polskiej, pod red. Krzysztofa Skwierczyńskiego i Piotra Węcowskiego, Warszawa: „DiG” 2001. Recepcja idei gregoriańskich w Polsce do początku XIII wieku, Wrocław: Wydawnictwo Uniwersytetu Wrocławskiego 2005 (II wydanie: Toruń 2016). (redakcja) Christianitas Romana: studia ofiarowane profesorowi Romanowi Michałowskiemu, red. nauk. Krzysztof Skwierczyński, Warszawa: Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego 2009. (redakcja) Glauco Maria Cantarella, Comites aulae coelestis: studia z historii, kultury i duchowości Cluny w średniowieczu, red. nauk. Tomasz Michał Gronowski OSB, Krzysztof Skwierczyński, przeł.