Ponieważ konstytucja z 1996 roku zawierała zapis, mówiący o tym, iż prezydent Czadu może sprawować tylko dwie pięcioletnie kadencje (nie licząc okresu sprzed przyjęcia konstytucji), w czerwcu 2005 roku przeprowadzone zostało referendum, w którym zapis ten został odrzucony. Pozwoliło to Déby’emu wziąć udział w kolejnych, zorganizowanych w 2006 roku wyborach prezydenckich i wygrać je.
Rządy Déby’ego charakteryzowały się nepotyzmem, gdyż na najwyższe stanowiska w państwie mianował współplemieńców z ludu Zaghawów. W kraju zamieszkanym przez około 200 grup etnicznych, dominacja jednego (1,5% populacji) wywołała falę rebelii. Jedna z najpoważniejszych wybuchła po 2003 roku, jako reperkusja wojny w Darfurze. Darfurscy partyzanci, którzy odnosili porażki w bitwach z sudańskim wojskiem, szukali schronienia na ziemiach Czadu. W 2005 roku prezydent Sudanu Umar al-Baszir oskarżył Deby’ego o zbrojenie sudańskich bojówek i zapowiedział mu zemstę, która przerodziła się de facto w wojnę między krajami, polegający na wspieraniu bojówek wrogim rządom w Ndżamenie i Chartumie. 13 kwietnia 2006 czadyjscy partyzanci dokonali szturmu na Ndżamenę. Wówczas przed upadkiem stolicy uchronili Deby’ego francuscy żołnierze. Podobna sytuacja miała miejsce 2 lutego 2008, kiedy rebelianci otoczyli pałac prezydenta.