Joachim Ernst został aresztowany w styczniu 1944 roku i został osadzony w obozie koncentracyjnym w Dachau. Po zakończeniu wojny niedługo cieszył się wolnością. Został ponownie aresztowany, tym razem przez radzieckie wojska okupacyjne. Trafił do byłego obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie, który w latach 1945–1950, w okresie administracji sowieckiej funkcjonował jako miejsce internowania dla nazistowskich przestępców wojennych, a pod koniec również i przeciwników władzy komunistycznej. Ciężko chorował. Zmarł z wycieńczenia 18 lutego 1947, w wieku 46 latTotenliste des Speziallagers Buchenwald, S. 18.
Małżeństwo i rodzina Joachim Ernst był dwukrotnie żonaty: Dnia 3 marca 1927 poślubił Elżbietę Strickrodt (ur. 3 września 1903; zm. 5 stycznia 1971). W 1929 małżeństwo zakończyło się rozwodem. 15 października 1929 ożenił się z Edithą von Stephani (ur. 20 sierpnia 1905; zm. 22 lutego 1986). Para miała pięcioro dzieci: Maria Antonina (ur. 14 lipca 1930; zm. 22 marca 1993), Anna Luiza (ur. 26 marca 1933; zm. 1 listopada 2003), Leopold Fryderyk (ur. 11 kwietnia 1938;