20 czerwca albo 26 czerwca 1940 roku dostał się do niewoli niemieckiej, z której udało mu się po 3 dniach uciec. We wrześniu 1940 roku dostał się do Wielkiej Brytanii, gdzie otrzymał przydział do 7 Brygady Kadrowej StrzelcówKrzysztof A. Tochman (2012) pisze, że Kożuchowski po przedostaniu się do Wielkiej Brytanii służył w 7 dywizjonie artylerii lekkiej 8 Brygady Kadrowej Strzelców., a następnie do 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej. Po przeszkoleniu w dywersji został zaprzysiężony 4 kwietnia 1942 roku w Oddziale VI Sztabu Naczelnego Wodza.

Zrzutu dokonano w nocy z 8 na 9 kwietnia 1942 roku w ramach operacji „Cravat” dowodzonej przez por. naw. Mariusza Wodzickiego. Kożuchowski dostał przydział do Okręgu Łódź AK na stanowiska szefa Oddziału III Operacyjnego. 5 grudnia 1942 roku został aresztowany przez Gestapo. Był więziony w Łodzi. W czerwcu 1943 roku zbiegł z więzienia.

Wojskowy Sąd Specjalny Okręgu Łódź AK na podstawie informacji uzyskanych z kontrwywiadu AK uznał, że ucieczka ta została sfingowana przez Gestapo i skazał Kożuchowskiego na karę śmierci za zdradę główną. Wyrok został wykonany przez żołnierzy Kedywu na kolejowym przejściu granicznym między Generalnym Gubernatorstwem a Rzeszą.