We wrześniu 1939 walczył jako zastępca dowódcy plutonu saperów 4 Pułku Saperów (Ośrodek Zapasowy Saperów nr 4). W składzie Armii „Kraków” jednostka przebyła szlak bojowy od Przemyśla do Stanisławowa, a 21 września przekroczyła granicę polsko-węgierską. Jerzy Kowalski został internowany z całą jednostką na Węgrzech. Uciekł z obozu internowania. Po przebyciu trasy przez Jugosławię i Włochy znalazł się w grudniu 1939 we Francji. Tam wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych. Został skierowany na stanowisko instruktora w Samodzielnej Brygadzie Saperów, a następnie służył w 3 Batalionie Saperów 3 Dywizji Piechoty. Będąca w trakcie organizacji 3 Dywizja Piechoty została skierowana przez dowództwo francuskie do obrony tzw. reduty bretońskiej. W obliczu nieuniknionej klęski Francji, praktycznie w przeddzień podpisania 22 czerwca 1940 w Compiègne rozejmu między Niemcami i Francją, dywizja została rozwiązana. Polscy żołnierze i oficerowie zostali przetransportowani na statkach rybackich do oddalonych portów w Yverdon i Saint-Jean-de-Luz na brytyjskie okręty ewakuacyjne. Część wojsk 3 Dywizji była ewakuowana z portu w Saint-Nazaire. W ewakuacji brał udział MS Batory. W końcu czerwca 1940 Jerzy Kowalski dotarł na pokładzie Batorego do Wielkiej Brytanii, gdzie służył w 3 Brygadzie Kadrowej Strzelców.