left|thumb|200px|Uniwersytet w Perpignan w 1780 Augustin-Joseph de Mailly dokonał renowacji budynków uniwersyteckich między 1760 a 1763 rokiem oraz zbudował nowe. 31 marca 1759 roku król Ludwik XV określił zasady i tryb przeprowadzenia renowacji uczelni. Następnie rząd 7 września 1759 roku ustalił listę istotnych przepisów, uzgodnionych na sfinansowanie prac. W tym samym roku podjęto decyzję o budowie nowych budynków na potrzeby Uniwersytetu.
Uniwersytet przestał funkcjonować w 1794 roku. W jego budynkach istniała biblioteka miejska, a także muzeum sztuk pięknych. W 1808 roku Uniwersytet nie znalazł się na liście wyznaczonych w dekrecie Napoleona większych miast, mających być siedzibą uniwersytetów.
Trwałość pamięci utraconej przez Uniwersytet odegrała istotną rolę w odtwarzaniu szkolnictwa wyższego w Perpignan w 1950 roku. Podczas posiedzenia Wydziału Literatury Université Montpellier 1 zaakceptowano projekt utworzenia Uniwersytetu. Rada Generalna postanowiła nabyć 20 hektarów ziemi, a następnie sprzedać na rzecz państwa na budowę budynków uniwersyteckich. W 1979 roku ponownie założono Uniwersytet, zarządzany przez Radę Dyrektorów, pod przewodnictwem rektora wybieranego przez Radę.