Dzięki tej znajomości w 1726 hieromnich Beniamin otrzymał godność archimandryty i przełożonym Monasteru Świętogórskiego w eparchii pskowskiej. W 1730 został przełożonym Monasteru Pskowsko-Pieczerskiego.
23 lipca 1731 został nominowany na biskupa kołomieńskiego i kaszyrskiego, przyjął chirotonię biskupią 25 lipca w soborze Zaśnięcia Matki Bożej na Kremlu moskiewskim. W tym samym roku założył szkołę przy rezydencji biskupiej w Kołomnie. W 1734 zajmował się śledztwem w sprawie mnichów monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Sarowie. Zasiadał w kancelarii eparchii moskiewskiej.
W 1739 został przeniesiony na katedrę wiacką. Nominację tę potraktował jako zesłanie na mniej prestiżowe stanowisko. Zaangażował się w prowadzenie działalności misyjnej, przeprowadzał masowe chrzty wśród ludności wyznającej islam oraz kulty pogańskie, twierdził, iż doprowadził do przyjęcia chrześcijaństwa przez 20 tys. osób. Opowiadał się za przesiedlaniem nowo chrzczonej ludności wotiackiej, by chrześcijanie nie przebywali na terenach zdominowanych przez inne wyznania.