Skutkiem erozji genetycznej jest mała zmienność genetyczna, a ta z kolei odpowiada za pogorszenie zdolności gatunku lub populacji do zachowania w przypadku zmian w środowisku, wzrasta specjalizacja i wrażliwość na zdarzenia losowe, maleje zdolność do rekolonizacji przywróconych siedlisk. Utrata zmienności genetycznej oznacza też stratę zależnej od niej zmienności fenotypowej – zanik zmienności morfologicznej, ras i odmian. W niewielkich populacjach utrata różnorodności genetycznej może prowadzić do spadku dostosowania i ostatecznie do wymarcia.
Erozja genetyczna gatunków uprawianych Według badań, spośród 7000 odmian jabłoni domowej (Malus domestica) uprawianych w Ameryce w XIX wieku wyginęło 86%. Stwierdzono również wyginięcie 95% odmian kapusty warzywnej (Brassica oleracea), 91% odmian kukurydzy zwyczajnej (Zea mays), 94% odmian grochu zwyczajnego (Pisum sativum) i 81% odmian pomidora zwyczajnego (Lycopersicon esculentum). W Chinach spośród około 10 tys. odmian pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum) uprawianych w roku 1949 pozostało jedynie około tysiąc. W Korei Południowej oceniono, że pozostało w uprawie 26% istniejących wcześniej tradycyjnych odmian roślin. Przyczyną zaniku zróżnicowania wśród odmian jest przede wszystkim powszechne stosowanie odmian wysoko wydajnych, dających największy plon.