Scalanie trójstronne thumb|alt=Schemat scalania trójstronnego|C jest przodkiem, A i B są potomkami C, a D jest nową wyjściową wersją Scalanie trójstronne (z uwzględnieniem wspólnego przodka) jest wykonywane po wcześniejszej analizie różnic między plikiem „A” i plikiem „B” z uwzględnieniem wspólnego pochodzenia obu plików. Jest to szeroko rozpowszechniona metoda, gdyż wymaga tylko jednego przodka, aby zrekonstruować zmiany, które następnie mają być scalone.
Scalanie trójstronne korzysta z przodka w celu ustalenia, które fragmenty się nie zmieniły, a które uległy zmianie w jednym lub obu plikach. Bloki, które nie uległy zmianom w obu nowych plikach, pozostają bez zmian. Bloki, które się zmieniły tylko w jednym z plików, są wykorzystywane w tej zmienionej postaci. Bloki zmienione w obu wersjach są wykorzystane tylko wtedy, gdy ich zmienione wersje są identyczne, w przeciwnym razie są oznaczane jako konflikt i pozostawione do rozwiązania przez użytkownika.
Scalanie trójstronne jest realizowane przez wszechobecny program , i stanowiło podstawę innowacji, która pozwoliła zamienić systemy kontroli wersji z blokowaniem plików na nowe z mechanizmem scalającym zmiany.