Pierwsze kursy odbyły się już wówczas, gdy dostępny był jedynie prototyp gdańskiego HPLC; w następnych latach były kontynuowane – odbyły się 30-krotnie do roku śmierci ich inicjatora.
Odszedł na emeryturę w roku 1994, ale nie przerwał pracy naukowej i dydaktycznej. Jeszcze w pierwszych latach XXI wieku pełnił funkcję recenzenta prac naukowych, np. rozpraw habilitacyjnych: I. Malinowska, Wpływ pola elektrostatycznego na niektóre retencyjne i fizykochemiczne parametry w układach chromatografii planarnej (listopad 2001), W. Piątkowski, Eksperymentalne i teoretyczne aspekty chromatografii preparatywnej jako operacji rozdziału mieszanin w technologii przemysłowej (luty 2007). Jerzy Kowalczyk był członkiem: Komisji Analizy Chromatograficznej w Komitecie Chemii Analitycznej PAN, Komitetu Inżynierii Chemicznej PAN.
Odznaczenia i wyróżnienia Jerzy Kowalczyk otrzymał: Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Złoty Krzyż Zasługi, Krzyż Armii Krajowej, Medal Wojska. Za wybitne osiągnięcia naukowe w dziedzinie chromatografii został uhonorowany w roku 2005 przez Komitet Chemii Analitycznej PAN Medalem im. Prof.