Wreszcie, 14 maja 1893 Bukowińskie Muzeum Krajoznawcze oficjalnie zaprezentowało swoją kolekcję. Ta data wyznacza początek działalności muzeum przez kolejne 21 lat. Wraz z budową obiektów dla Bukowińskiego Muzeum Rzemiosła na ul. Mickiewicza 2, Muzeum Krajoznawcze na podstawie umowy wynajmu, znajdowało się na jednym z jego pięter. Rozwój muzeum przyczynił się do badań K. Romstorfer, I. Sombatiego, R. Kaindla, V. Ariyczuka, E.Kostina, I.Prokopovycza. Wyniki były opublikowane w rocznikach muzeum.
Podczas I wojny światowej muzeum zawiesiło działalność i wznowiło ją w 1918 roku, w nowych warunkach politycznych.
W 1930 roku muzeum zostało zreorganizowane jako Muzeum Regionalne i otrzymało nowy statut. W 1935 roku muzeum połączono z muzeum przemysłowym i działało jako Muzeum Regionalne im. króla Karola II.
Po włączeniu północnej Bukowiny do ZSRR w listopadzie 1940 roku na bazie zbiorów powstało muzeum historyczne, które umieszczono w budynkach metropolii.
Po II wojnie światowej muzeum zostało przeniesione do budynku na ulicy Kobylańskiej, gdzie działa do dziś.