Podczas kampanii wrześniowej Bohdan Małachowski walczył w jednostkach artyleryjskich. Po zakończeniu II wojny światowej powrócił do aktywnej działalności turystycznej. W latach 1945–1950 kierował Centralnym Biurem PTT w Krakowie, a po powstaniu PTTK był jego etatowym pracownikiem, pracując m.in. w Komisji Turystyki Górskiej oraz przewodnicząc Głównemu Sądowi Koleżeńskiemu. W 1953 roku otrzymał uprawnienia przewodnika tatrzańskiego. Nadal wiele publikował i redagował na łamach m.in. „Biuletynu Informacyjnego PTT” (którego był redaktorem w latach 1946–1947), „Wierchów” i „Taternika”. Był współautorem wydanego w latach 1956–1959 Słownika geografii turystycznej Polski, podejmował również temat turystyki górskiej w Czechosłowacji. Napisał przewodnik po wschodniej części Podhala i polskiego Spiszu pt. Na szlakach powstania Kostki Napierskiego (1953), był także współautorem przewodników po Beskidach oraz Jurze Krakowsko-Częstochowskiej.

W 1962 roku otrzymał honorowe członkostwo PTTK. Po śmierci został upamiętniony poprzez nadanie imienia schronisku PTTK „Pod Kopą