W 1596 wrócił do Francji i zaczął wykładać filozofię w Douai. Po dwóch latach pracy na uczelni przeniósł się do Belgii, do Antwerpii, gdzie został spowiednikiem miejscowych Hiszpanów i Włochów. Od 1598 do 1608 roku pełnił funkcję prokuratora tutejszych jezuitów. Był również pomocnikiem przełożonego jezuitów w Antwerpii. W 1611 roku został mianowany jego zastępcą, a trzy lata później sam stanął na czele swojego zakonu w tym mieście.
Generałowie zakonu jezuitów, na przykład Robert Bellarmin, dążyli do stworzenia specjalnego kolegium kształcącego matematyków na potrzeby zakonu. Jezuici prowadzili wówczas wiele szkół na terenie całej Europy i brakowało im wykwalifikowanych nauczycieli. Zadanie znalezienia odpowiedniej kadry i lokalizacji do tego typu przedsięwzięcia powierzono Christophowi Claviusowiwww.faculty.fairfield.edu. Ten, po wstępnych poszukiwaniach, wybrał François de Aguilona jako jedną z osób odpowiedzialną za projekt. Jego szkoła ostatecznie powstała w 1611 roku, w Antwerpii. Jej wychowankami byli między innymi André Tacquet i Jean-Charles della Faille. W niedługim czasie podobne studium otworzyli francuscy jezuici.