1, Lublin: Towarzystwo Naukowe Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, 1989, s. 149..
W czasie potopu szwedzkiego kościół został uszkodzony. Kamień węgielny pod nową świątynię, w całości murowaną, został położony w 1685 roku. Druga faza budowy kościoła odbywała się etapami. W 1692 roku oddano do użytku mury nawy, w 1693 roku - fasadę frontową, w 1698 roku - sklepienie nawy i ołtarz główny.
Na początku XVIII stulecia pożar zniszczył świątynię. Została ona odbudowana w połowie tego wieku. Konsekrowana została w 1760 roku przez biskupa kijowskiego Kajetana Sołtyka.
W czasie powstania listopadowego spaliły się dach i dzwonnica. Kościół odbudowano w 1833 roku, następnie w 1874 roku wzniesiono dzwonnicę na nowym miejscu. W 1864 zakon augustianów uległ kasacie. W 1866 roku przy kościele została utworzona parafia św. Agnieszki.
Architektura Świątynię wybudowano z cegły i kamienia. Jest to budowla trzynawowa z małym, półkoliście zamkniętym prezbiterium, nakrytym sklepieniem kolebkowym. Budowa ciągnęła się przez kilka lat, dlatego w kościele można odnaleźć elementy różnych stylów. Chociaż budowla reprezentuje późnorenesansową architekturę lubelską, to nawy posiadają cechy architektury barokowej.