Po ME w 1999 został zwolniony z funkcji trenera reprezentacji i ponownie został trenerem Pałacu Bydgoszcz (do końca sezonu 1999/2000).
W 2004 i ponownie rok później zdobył z siatkarkami reprezentującymi Akademię Wychowania Fizycznego w Gdańsku akademickie mistrzostwo Europy. W kolejnych latach pracował w Gedanii, Stali Mielec, ponownie Gedanii i TPS Rumia. Ten ostatni klub wprowadził w 2010 do ekstraklasy. Z funkcji trenera klubu z Rumi został zwolniony przed końcem sezonu 2010/2011Jerzy Skrobecki zawieszony w obowiązkach trenera TPS Rumia, a sam zespół nie uniknął ostatecznie degradacji. Od listopada 2018 trenuje chiński zespół KS AZS AWFiS Gdańsk Beijing Sport University I, którego zawodnicy przez 9 miesięcy 2019 będą przebywać w PolsceWygrał zespół z Pekinu. Lębork najlepszą polską drużyną w XXVI Turnieju Piłki Siatkowej. MKS Korab Puck tuż za podium.
Jest wykładowcą Akademii Wychowania Fizycznego i Sportu w Gdańsku. W 2005 obronił pracę doktorską Kryteria oceny sprawności fizycznej specjalnej siatkarek na różnych poziomach zaawansowania sportowego.