Po zajęciu Poznania przez Niemców we wrześniu 1939 usunął swój szyld Księgarnia Uniwersytecka, co prawdopodobnie sprawiło, że jego firma była najdłużej działającą polską księgarnią w Poznaniu pod okupacją niemiecką. Wiosną 1940 została ona zamknięta, a całe zasoby – z wyjątkiem pojedynczych egzemplarzy przekazanych do biblioteki uniwersyteckiej – oddano na przemiał do fabryki papieru w Czerwonaku. Wartość zniszczonych książek wyceniono na ok. 1,5 mln złotych przedwojennych. Jachowski wyjechał do Generalnego Gubernatorstwa, ostatnie lata wojny spędził w Krakowie.
Po zakończeniu wojny wrócił do Poznania i utworzył Spółkę Księgarsko-Wydawniczą „Księgarnia Akademicka”. Przed wojną nie utrzymywał bliższych kontaktów ze środowiskiem księgarskim, natomiast później działał w Związku Księgarzy Polskich – w roku 1945 został członkiem zarządu oddziału poznańskiego tej organizacji. W latach 1939 i 1946–1947 wydawał czasopismo „Przegląd Wielkopolski”, które po reaktywacji w roku 1987 kontynuuje profil wydawniczy wprowadzony przez Jachowskiego.