Doprowadziło to do zmniejszenia liczby rodzajów i gatunków oraz reorganizacji podrodzin, plemion oraz subplemion. Taksonomia storczykowatych jest ciągle rozwijana i badana. Każdego roku jest odkrywanych około 150 nowych gatunków. Lista samych rodzajów liczy w 2013 roku prawie tysiąc.
Z kladystycznego punktu widzenia rodzina storczykowatych uważana jest za monofiletyczną, to znaczy, że wszyscy jej przedstawiciele pochodzą od jednego przodka.
Podrodziny Wyróżnianych jest pięć podrodzin: Apostasioideae Cypripedioideae – obuwikowe Epidendroideae – epidendronowe Orchidoideae – storczykowe Vanilloideae – waniliowe
Rodzaje A Aa Rchb. Abdominea Smith Acacallis Lindl. Acampe Lindl. Acanthephippium Blume Aceras R.Br. Aceratorchis Schltr. Acianthera Scheidw. Acianthus R.Brown Acineta Lindl. Acostaea Schltr. Acriopsis Blume Acrochaene Lindl. Acrolophia Pfitzer Acrorchis R.L. Dressler Ada Lindl. Adamantinia Van den Berg & C.N.Gonç Adenochilus Hook.f. Adenoncos Blume Adrorhizon J.D. Hooker Aerangis Rchb. f. Aeranthes Lindl. Aerides Lour. Aganisia Lindl. Aglossorrhyncha Schltr. Agrostophyllum Blume Alamania Lex. Alatiliparis Marg. & Szlach. Altensteinia Kunth Ambrella H.Perrier Amerorchis Hultén Amesiella Schltr.