We wrześniu 2015 przedłużył kontrakt z klubem o dwa lata.
W lipcu 2022 został przetransferowany do Calgary Flames, w toku wymiany za Matthew Tkachuka, podpisując ośmioletni kontrakt.
Kariera reprezentacyjna Jest reprezentantem juniorskim Kanady. Występował w kadrach juniorskich kraju w turniejach mistrzostw świata do lat 17 (2010), Memoriał Ivana Hlinki 2011 oraz mistrzostw świata do lat 20 (2012, 2013).
W kadrze seniorskiej uczestniczył w turnieju mistrzostw świata w 2014.
Sukcesy mały|240px|Jonathan Huberdeau w barwach Kanady do lat 20 (2012) Reprezentacyjne 16px Brązowy medal mistrzostw świata juniorów do lat 20: 2012
Klubowe Trophée Jean Rougeau: 2010, 2011, 2012 z Saint John Sea Dogs Mistrzostwo QMJHL – Coupe du Président: 2011, 2012 z Saint John Sea Dogs Mistrzostwo CHL – Memorial Cup: 2011 z Saint John Sea Dogs