Bouvet i jego towarzysze otrzymali też zadanie od francuskiej Akademii Nauk, z którą współpracowali. Mieli dokonać obserwacji astronomicznych w miejscach, w których będą przebywać, w celu ustalenia pozycji geograficznej. Wyniki swoich prac mieli później przesłać do Francji. Innym zadaniem, jakie postawiła przed nimi Akademia Nauk, było zapoznanie się z osiągnięciami azjatyckimi i zebranie o nich informacji.
Wyprawa ruszyła 3 marca 1685 roku, z Brestu w Bretanii. Była to pierwsza z podejmowanych przez Francuzów misji chrystianizacyjnych w Chinach. Działalność Bouveta miała oficjalne poparcie dworu królewskiego i samego Ludwika XIV, który widział w niej szansę na zwiększenie wpływów francuskich na Wschodzie, dotychczas zdominowanym przez Portugalczyków. Towarzyszami Bouveta byli tak zwani Matematycy Królewscy: Jean de Fontaney, Guy Tachard, Louis Le Comte, Claude de Visdelou i Jean-François Gerbillon. Po krótkim pobycie w Syjamie, gdzie został Tachard, Francuzi wylądowali w Ningbo, omijając faktorie portugalskie, 23 lipca 1687 roku. Goście zostali szybko odstawieni do stolicy, gdzie stanęli przed obliczem władz. Zezwolono im na działalność, a Bouvet i Gerbillon zostali nawet na dworze, gdzie zajmowali się między innymi nauczaniem cesarza Kangxi, zainteresowanego europejskimi osiągnięciami.