8 stycznia 1919 przeszedł ze służby w Korpusie Czechosłowackim do służby u rosyjskiego admirała Aleksandra Kołczaka, od stycznia 1919 nadzorował śledztwo w sprawie morderstwa rodziny cara Mikołaja II i jego rodziny w Jekaterynburgu i innych członków carskiej rodziny w Ałapajewsku. Jednocześnie od stycznia do 4 lutego 1919 był szefem sztabu rosyjskich wojsk Frontu Zachodniego wojny domowej w Rosji, od 20 czerwca do 4 listopada 1919 dowódcą „białego” Frontu Wschodniego, tymczasowo od 10 sierpnia do 6 października 1919 pełnił też obowiązki szefa sztabu Najwyższego Dowództwa i od 12 sierpnia do 6 października 1919 – ministra wojny w syberyjskim rządzie Kołczaka. W wyniku rozbieżności zdań z Kołczakiem co do taktyki, złożył dymisję. Był jednym z organizatorów „Drużyn Świętego Krzyża”. Od 8 maja do 1 lipca 1920 był przewodniczącym Narady Wojennej Sił Zbrojnych Wschodniego Krańca Rosji atamana Grigorija Siemionowa, następnie pozostawał w rezerwie, 6 sierpnia 1921 na zebraniu Nadamurskiego Soboru Ziemskiego został Najwyższym Władcą Nadamurskiego Zjednoczenia Państwowego, od 1 czerwca do 8 sierpnia 1922 dowodził wojskami i marynarką Nadamurskiej Władzy Tymczasowej, w końcu października 1922 po rozbiciu sił zbrojnych białych przez Armię Czerwoną ewakuował się do Korei, a następnie do Chin.