W chorwackim „Dzienniku Ustaw” („Narodne novine”) pod datą 18 kwietnia 1941 r. opublikowano tymczasową strukturę Chorwackiej Obrony Krajowej (domobraństwa). Generał Štancer został dowódcą sił lądowych, Đuro Jakčin – marynarki wojennej NDH, Vladimir Kren – lotnictwa NDH, Josip Marković – wojsk kolejowych i drogowych, Zvonimir Pavešić – wojsk transportowych, Hinko Krenčić – poczty, Petar Petković – służb bezpieczeństwa i porządku publicznego.

W 1942 r. generał Slavko Štancer pełnił funkcję komendanta garnizonu Zagrzeb. Był też przewodniczącym Trybunału Wojskowego.

Pod koniec II wojny światowej, po upadku NDH, Slavko Štancer został aresztowany na terenie Karyntii w okresie bitwy pod Poljaną (14–15 maja 1945 r.). Po nieudanych negocjacjach na temat losów chorwackich jeńców wojennych w rękach brytyjskich został wydany partyzantom jugosłowiańskim, a następnie był sądzony w Zagrzebiu. Władze komunistycznej Jugosławii skazały go na karę śmierci. Štancer zwrócił się o akt łaski do Josipa Broza-Tity, prosząc o możliwość kontynuowania kariery wojskowej, jako że był wykwalifikowanym oficerem. Tito, dawny towarzysz broniJosip Broz-Tito w okresie I wojny światowej służył w 25 Domobrańskim Pułku Piechoty w ramach 42 Dywizji Piechoty Królewskochorwackiego Domobraństwa, odmówił ułaskawienia, ale generał uniknął wykonania wyroku.