W pierwszych sezonach prace odbywały się w górnej, najmłodszej, części komu. Młodszy, Górny Kościół określa się nazwą Rafaelion II, od imienia jego patrona Archanioła Rafała. Dolny Kościół był najprawdopodobniej tego samego imienia, dlatego w odniesieniu do Górnego Kościoła używa się określenia Rafaelion II. Funkcjonował on od połowy XI do połowy XVIII wieku.Żurawski, B. (2014). Kings and Pilgrims. St Raphael Church II at Banganarti, mid-eleventh to mid-eighteenth century, Warsaw: Wydawnictwo Neriton / IKŚiO PAN. Rozwijał się wokół niego ruch pielgrzymkowy, którego świadectwem jest blisko 1000 inskrypcji pozostawionych przez odwiedzających na ścianach Rafaelionu. Zapisane są głównie w języku greckim i staronubijskim lub ich mieszance.
Do najważniejszych odkryć w Banganarti należą malowidła. Na ścianach Dolnego Kościoła odkryto ich 15, zachowane były jednak znacznie gorzej niż te, które zdobiły wnętrze Rafaelionu II.Żurawski, B. (2012). St Raphael Church I at Banganarti, mid-sixth to mid-eleventh Century. An introduction to the site and the epoch (=Gdańsk Archaeological Museum African Reports 10), Gdańsk: Gdańsk Archaeological Museum. Program ikonograficzny Górnego Kościoła jest niewątpliwie mocno zakorzeniony w teologii politycznej, królewskiej propagandzie.