Po I wojnie światowej i polsko-czechosłowackim konflikcie granicznym obszar zboru (oprócz Istebnej, Koniakowa i Jaworzynki) znalazł się w granicach Czechosłowacji. Po 1920 wraz z pięcioma innymi polskojęzycznymi zborami luterańskimi utworzył odrębny Kościół Ewangelicki Augsburskiego Wyznania na Śląsku Wschodnim w Czechosłowacji, który został oficjalnie uznany w dniu 24 maja 1923. Zborem opiekował się wówczas pastor Karol Krzywoń, który rozpoczął starania o budowę kościoła ewangelickiego w Istebnej. Kiedy w październiku 1938 Polska dokonała aneksji tzw. Zaolzia zbory te połączono z polskim Kościołem ewangelicko-augsburskim. Już rok później, po włączeniu większości terenu Śląska Cieszyńskiego do III Rzeszy podporządkowano je niemieckiemu konsystorzowi we Wrocławiu, ponownie zborem filialnym Nawsia stała się Istebna. Po II wojnie światowej Śląski Kościół Ewangelicki Augsburskiego Wyznania ponownie uznano oficjalnie w 1948.
Na początku XXI wieku wyodrębnił się zbór w Piosku. Obecnie zbór w Nawsiu liczy około 2500 osób.