Mimo że podczas wojny trzydziestoletniej w Helmstedt stacjonowały grupy żołnierzy to uniwersytet był chroniony i nie ucierpiał. Dopiero w latach 1625–1626 w wyniku epidemii dżumy, zostały zawieszone wykładyHandbuch der historischen Buchbestände in Deutschland. Digitalisiert von Günter Kükenshöner.Hrsg. von Bernhard Fabian. Hildesheim: Olms Neue Medien 2003. Bestandsgeschichte 1.5. Heinrich Wendt, który w 1630 roku został wybrany na sekretarza wydziału prawa przerwał studia i jak wielu innych studentów opuścił miasto.
Opinie w procesie czarownic Podstawę procesów w Świętym Cesarstwie Rzymskim stanowiły przepisy zawarte w Constitutio Criminalis Carolina ogłoszone przez Karola V. W porównaniu ze średniowiecznymi praktykami nowe przepisy stanowiły pewien postęp, ponieważ stosowanie tortur było ściśle uregulowane i zrezygnowano z sądu bożego. Przeprowadzony dowód winy uznawano tylko po przyznaniu się oskarżonego, które musiało być powtórzone bez tortur. Jednak porządek prawny katolickiego Karola V nie został przyjęty w całości w krajach ewangelickich. Przepisy te przewidywały, że magia będzie karana w przypadku wyrządzenia faktycznych szkód. W krajach ewangelickich ten przepis został zaostrzony, ponieważ magia przedstawiała pewien związek z diabłem i zatem zawsze jest godna śmierci.