Gruzja ponownie odzyskała niezależność za czasów Jerzego V Wspaniałego. Od rządów Bagrata V Wielkiego Gruzja musiała odpierać ataki Tamerlana, co osłabiało państwo. Po śmierci Aleksandra I doszło do konfliktu między jego następcami. W ciągu ćwierćwiecza Gruzja rozpadła się na trzy królestwa rządzone przez osobne linie Bagratydów z Kartlii, Kachetii i Imeretii. W XVI w. władcy Kachetii i Kartlii zostali lennikami perskimi, a król Imeretii wasalem tureckim.
Linia z Kartlii thumb|Piotr Iwanowicz Bagration Założycielem tej linii dynastii był Konstantyn II, bratanek króla Jerzego VIII i brat przyrodni Bagrata VI z Imeretii (ich wspólną matką była księżniczka Gulkhan, dziedziczka Imeretii). Jego wnuk Luarsab I na mocy układu persko-tureckiego z 1555 dostał się pod władzę szacha perskiego Tahmaspa I.
Rodzina Bagratydów z Kartlii podzieliła się na kilka linii. Główna linia królów Kartlii wygasła w 1658 na Rostomie I. Po jego śmierci tron przeszedł na Wachtanga V z linii książąt Muchranii. Od jego stryja, ks. Kaihsro oraz bratanka, ks. Konstantyna I wywodzą się istniejące do dziś linie książąt Bagrationi-Muchrani i Bagrationi-Muchraneli.
Potomkowie Wachtanga V rządzili w Kartlii do początku XVIII w.