Podczas II wojny światowej kościół, jego wieża i ściany zostały w znacznym stopniu uszkodzone. Zabrano wszystkie dzwony. W latach 1946–1948 odbudowano wojenne zniszczenia. W kolejnych latach, zwłaszcza 1972-1976, przeprowadzono dalsze prace remontowe oraz dokonano modernizacji wystroju wewnętrznego. W roku 1981 ks. bp Herbert Bednorz poświęcił trzy nowe dzwony, o imionach: Maria, Józef i Rafał o łącznej wadze 1500 kg. W roku 1984 dach kościoła pokryty został blachą miedzianą. Rozpoczęto wymianę witraży, według projektu artysty plastyka Witolda Pałki. Witraże wykonała firma Michała Cubera z Głogówka. We wrześniu 1997 r. na wieży kościelnej zawisły nowe zegary, które zostały wykonane przez firmę Rduch z Połomi.
W związku z obchodami stulecia poświęcenia kościoła w 1998 roku utwardzono jego bezpośrednie obejście, zbudowano parking dla samochodów oraz zainstalowano oświetlenie całego obiektu. W roku 2002 przeprowadzono gruntowny remont wieży kościoła, która w całości została pokryta blachą miedzianą. W latach 2003–2004 wybudowana została kaplica przedpogrzebowa. Stanęła ona na miejscu starego probostwa. Jej projektantami było dwoje młodych mszańskich architektów: Agnieszka Kuś i Tomasz Holona, a ceramiczne elementy wystroju wewnętrznego wykonał Wojciech Dzienniak. W ramach podjętych prac uporządkowano także obejście kaplicy.