Atak zainicjowała rozłamowa grupa tej organizacji pod wodzą Habiera Malika. W jednym z dystryktów objętym walkami bojownicy ustawili naprzeciwko sił bezpieczeństwa kilkanaście osób związanych liną, które machały białymi flagami, krzycząc "błagamy, nie strzelajcie!". W tym czasie umieszczeni na dachach rebelianccy snajperzy ostrzeliwali oddalonych o ok. 500 metrów żołnierzy. Po rozpoczęciu potyczki ulice miast wyludniały. Armia jedynie odpowiadała na ostrzał rebeliantów, których bezpośrednio nie atakowała, ze względu na wzięcie zakładników. Wprowadzono godzinę policyjną trwającą od 20. do 5. rano. Z powodu walk miasto zostało całkowicie sparaliżowane. Cierpiał głównie handel, gdyż Zambaonga jest ważnym centrum wymiany handlowej na południowo-zachodnim krańcu Mindanao
Drugiego dnia kryzysu do miasta przybyły posiłki wojskowe. Do operacji przystąpiła marynarka wojenna, która nałożyła blokadę morską miasta, by uniemożliwić napływ bojowników drogą morską. Tymczasem MNLF od rana atakował pozycje rządowe za pomocą granatników przeciwpancernych i moździerzy. W sektorach miasta wolnych od walk, mieszkańcy opuszczali swoje domy. W ciągu dwóch dni, ewakuowało się 9 tys. osób. W godzinach popołudniowych na południu miasta w dzielnicy Sta. Barbara wybuchł potężny pożar, który strawił pięć budynków.