Aby mógł podołać tak wielkiemu przedsięwzięciu naukowemu i logistycznemu, w roku 1907 razem z Rudolfem Smendem wysłali prośbę o utworzenia instytutu do Preußisches Ministerium der Geistlichen, Unterrichts- und Medicinalangelegenheiten i w 1908 roku za zgodą ministerstwa powstał instytut Göttinger Septuaginta-Unternehmen. Pod kierownictwem Rahlfsa (1908-1933) położone zostały podstawy do historyczno-krytycznego wydania Septuaginty. Dla uporządkowania zgromadzonych w Getyndze fotografii, mikrofilmów i manuskryptów wprowadził Rahlfs-Nummer (system numeracji rękopisów Septuaginty), które stały się standardem międzynarodowym. Jeszcze za jego życia instytut Göttinger Septuaginta-Unternehmen opublikował trzy pierwsze tomy Psalmi cum Odis, Ruth, Genesis. W międzyczasie ukończono około dwie trzecie tomów edycji editio maior.
Publikacje Liczne publikacje Alfreda Rahlfsa skupiają się wokół badań Septuaginty. Poprzez jego osobistą znajomość rękopisów jego rozprawy mają do dzisiaj wpływ na badania historyczno-krytyczne tekstu i badanie historii Septuaginty.