Jego konsekracja biskupia miała miejsce 6 sierpnia tego samego roku w archikatedrze Serca Jezusowego w Sarajewie.
18 sierpnia 1940 roku w trakcie II wojny światowej został mianowany ordynariuszem skopijskim. Obszar jego diecezji w tym czasie znajdował się pod okupacją niemiecką oraz bułgarską. W tym czasie dochodziło do masowej eksterminacji Żydów macedońskich. Starał się temu zapobiec, jednak nieskutecznie. Udało mu się uchronić od wywózki do Auschwitz grupę dzieci, które ukryto na terenie klasztorów.
Po śmierci 30 czerwca 1946 roku biskupa Josipa Stjepana Garicia został mianowany administratorem apostolskim diecezji Banja Luka. Uczestniczył w obradach II soboru watykańskiego.
12 czerwca 1969 papież Paweł VI mianował go koadiutorem arcybiskupa metropolity wszechbośniackiego Ivana Šaricia, przyznając mu tytuł arcybiskupa tytularnego Thibuzabetum oraz zwalniając z funkcji ordynariusza skopijskiego. Rządy metropolitarne w Sarajewie objął po śmierci swojego poprzednika 13 stycznia 1970 roku, odbywając uroczysty ingres do archikatedry.
Smiljan Franjo Čekada zmarł w 1976 roku w wieku 73 lat i został pochowany w grobowcu rodzinnym na miejskim cmentarzu w Sarajewie.