W 1980 w Kirgiskiej SRR zamieszkiwało około 100 000 Niemców, a liczba tamtejszych wspólnot ewangelickich odniosła szczyt liczebności - działało około 50 zborów zbierających się w swoich domach modlitwy.
Od czasu upadku Związku Radzieckiego kirgiskie zbory początkowo utworzyły osobną diecezję Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła w Rosji i Innych Krajach, przekształconą następnie w jego kościół regionalny.
W latach 90. XX wieku nastąpił znaczny spadek liczby wiernych związany z emigracją Niemców. W 1997 pozostało jedynie około 38 000 osób niemieckiego pochodzenia. W niewielkim stopniu spadek ten został skompensowany przez wzrost liczby ludności rosyjskojęzycznej.
Niezależny Kościół Ewangelicko-Luterański w Republice Kirgiskiej został zarejestrowany w 2001. W późniejszych latach nastąpiły kolejne wyjazdy Niemców, na skutek czego w wyniku zmian struktury narodowościowej wiernych kościoła, w którym pozostało niewielu członków o korzeniach niemieckich, w latach dwutysięcznych zdecydowano o oficjalnej zmianie języka sprawowania czynności kościelnych z niemieckiego na rosyjski, przede wszystkim ze względu na rosyjskojęzyczność młodzieży.